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【AI抗菌】1小時驗出「超級細菌」!醫師與工程師開發平台,緩解抗生素濫用危機

不當使用抗生素使其出現抗藥性,也會養出超級細菌(Superbugs),已成為繼新冠肺炎疫情後公共衛生的「隱形風暴」,超級細菌抗藥性強,過去因缺乏快速鑑定菌種的工具,醫師只能憑經驗給藥;如果投藥不精準,更加強細菌的抗藥性,處理不好還可能造成大規模感染。中國醫藥大學附設醫院開發「智抗菌平台」,運用AI搶時間,比實驗室培養和鑑定提前24~72小時,1小時就能辨識菌種有無抗藥性,並發簡訊建議醫師投與正確的抗生素,掌握黃金治療期搶救病人。

中醫大附醫院長周德陽看到比爾蓋茲(Bill Gates)2015年在TED演說的影片提到,未來對人類威脅最大的並不是戰爭、飛彈,而是微生物,又可稱為「抗藥性細菌」。世界衛生組織(WHO)警示,如果不正視抗藥性細菌問題,2050年,可能有1000萬人死於細菌感染,死亡人數將遠超過癌症。

錯失黃金期正確給藥,濫用抗生素反養出超級細菌

造成超級細菌如此猖狂的原因,主要是抗生素的濫用。周德陽解釋,濫用有兩種可能,一種是醫師低估嚴重性而延誤治療;另一種是高估嚴重性,例如,直接使用最強的藥物,導致細菌突變,對抗生素出現抗藥性。

然而,從2017年以來,抗生素新藥研發緩慢,只有12種抗生素獲得批准,而且並不是每一種都有在台灣上市,新冠肺炎疫情期間,醫師在還不清楚是病毒或細菌感染引起的症狀時,寧可錯殺100,也不放過1個,導致抗生素更被濫用。

敗血症是病原體引起的全身性發炎反應,病情瞬息萬變。以標準實驗室培養、鑑定菌種、產出報告,約需要3~5天,醫師無法立即得知是哪一種細菌而精準投藥;培養的期間,病人症狀的變化速度很快,每延遲1小時用藥,死亡率就會上升7.6%。

「早點診斷出敗血症很重要,」周德陽說:「我們做的AI要跟人家不一樣。第一,要能落地使用,不是只停留在研究案;第二,要好用;第三,要愛用。智抗菌平台上線後,目前已經累積14萬人次應用,每天醫師需要開立抗生素時就會用。」

抗藥性 01.中醫大附醫智抗菌平台研發團隊代表。(攝影/趙敏)
中醫大附醫智抗菌平台研發團隊代表

平台4大功能助醫師及早診斷,合理使用抗生素

中醫大附醫研發智抗菌平台採跨領域合作,整合感染科、藥劑部、檢驗醫學中心、醫研部、資訊室、人工智慧中心和大數據中心等專業,組成約40多人的團隊。平台運用院內大數據和AI病程預測,打造4大功能,提供「全方位解決方案」(Total Solution)。

啟動智抗菌平台的4大功能是依時間順序。人工智慧中心主任許凱程說明,當病人被送來醫院,什麼檢查都沒做時,就先啟用「個人微生物抗菌譜」,裡面整合病人過去6個月在中醫大附醫住院、檢體、培養菌種和藥物的敏感性等資訊。

進到院內約6個小時,如果病人有抽血結果,會啟動「敗血症風險與致死率預測」,利用10個參數,預測病人的敗血症和死亡率風險。大約24小時後,有初步培養細菌的結果,結合AI和質譜儀分析,「智速檢抗藥性預測」功能可快速預測細菌抗藥性。

最終,啟用「抗生素治療輔助決策系統」(CDSS),發手機簡訊通知第一線臨床醫師抗藥性菌株,如:抗碳青黴烯藥之克雷伯氏肺炎菌(CRKP)和抗甲氧西林金黃色葡萄球菌(MRSA)等重要抗藥細菌的預測結果,建議應使用何種抗生素。

其中,平台的「智速檢抗藥性預測」功能是核心,納入8種WHO、衛福部疾管署和中醫大附醫加護病房常見、致死率高的抗藥性菌株,建立AI質譜分類模型。人工智慧中心副主任游家鑫解釋,先將細菌送到質譜儀,分析出蛋白質的指紋,加速菌種的鑑定,再利用質譜儀上不同蛋白質的訊號差異性作為特徵,有抗藥性和沒有抗藥性的蛋白質會不同,以此訓練抗藥性檢測機器認知模型。

當菌種鑑定出來,以往還要用「抗生素敏感試驗儀」做藥物敏感性試驗,需要24~48小時,相當耗時。檢驗醫學中心院長薛博仁補充,現在運用AI,串接質譜儀資料和藥敏資訊,1小時內就能預測細菌是否有抗藥性,而且一台質譜儀就能做到兩台儀器(質譜儀和抗生素敏感試驗儀)的事。

「該用抗生素的就盡早給醫師好的診斷,讓他選擇適合的藥物。」主任祕書兼呼吸加護病房主任陳韋成說,病人經常會說想用最貴、最好的藥物,其實研發智抗菌平台的目的除了及早診斷,也是為了讓抗生素使用達到合理性。

抗藥性 03.質譜儀檢測樣品的製備。(照片提供/中醫大附醫微生物組)
質譜儀檢測樣品的製備。(照片提供/中醫大附醫微生物組)

抗藥性預測準確率達85%,降低抗生素花費成本

智抗菌平台從2022年2月開始導入中醫大附醫醫院資訊系統(HIS),因4個功能需克服的問題不同而分階段上線,落地臨床作業流程,目前可降低敗血症12%死亡率,共發表18篇論文。游家鑫說,在抗藥性預測準確率平均達85%,其中,MRSA因為感染比例較高,在收集菌株資料時,很容易就能收到超過1萬筆,預測準確率高達95%。

周德陽特別提到,因平台協助臨床醫師及早正確投藥,中區醫院的平均抗生素費用占藥費的30%,中醫大附醫降低到約20%。

然而,亮眼成績的背後,其實面臨各種挑戰與團隊間的磨合。許凱程回憶,院長最初發想概念時,有臨床醫師對於應用AI感到抗拒;中期開發,發現醫學語言和工程語言溝通有落差,「院長以全院Leader的高度,整合臨床端、資訊端、開發端、架接端,每週開一次會議,整合團隊一起克服困難。」

本身為神經部主治醫師的許凱程也能體會,要改變醫師的習慣需要時間。智抗菌平台剛開始上線,每月只有幾百人次的使用率,過半年才逐漸增加,1年後穩定,現今每個月約有1萬人次使用。「剛好醫院面臨HIS轉換期,我們把新的平台導入新的HIS,推廣醫師開立抗生素就用這個平台,不要使用舊平台,提升使用率。」

「當一個產品(平台)要落地時,我們也在做服務。」藥劑部臨床藥學科臨床藥師何虂菁分享,平台剛上線時,她與臨床端的醫師緊密聯繫,到各科舉辦說明會,教學如何使用此平台,並了解同仁使用上遇到的問題。期間如果醫師沒有依照抗生素治療輔助決策系統開立抗生素,她也會協助追蹤和溝通,目前院內調查使用智抗菌平台的滿意度達98%。

跨院驗證協同完成機器學習模型訓練,積極取證推進產品商化

中醫大附醫除了全院落地使用智抗菌平台,也免費架接給4家醫院執行跨院驗證,包含臺大醫院雲林分院、童綜合醫院沙鹿院區、奇美醫院、衛福部豐原醫院,啟動聯邦式學習,讓多個裝置能在不需要傳輸訓練資料的前提下,協同完成機器學習模型訓練。除了保護隱私、減少資料傳輸的成本,也加速機器學習的過程。

抗藥性 04.(圖片提供/中醫大附醫)
中醫大附醫藥劑部臨床藥學科臨床藥師何虂菁說,未來如果各醫院電子病歷格式一致,透過「應用程式介面」(API)作為通道串接,可望讓智抗菌平台的各項功能落地到他院。(圖片提供/中醫大附醫)

「怎麼去找到臨床未被滿足的需求(Unmet Medical Need),前期需要與臨床醫師高頻率的互動;真正上線後,臨床端給我們回饋,我們才能快速地針對模型或系統去做Iteration。」游家鑫說。

這群醫院裡的發明家將持續學習,透過數位轉型優化流程,快速掌握病情趨勢,挽救更多生命。

編按:團隊榮獲第25屆(2023年)國家生技醫療品質獎/醫療院所類智慧醫療組銅獎,文中所提及之職稱,皆為受訪當時之職務。

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